海を渡って、日本に近付く船があった。その船に乗っているのは南方妖怪五人衆、アカマタ、アササボンサン、やし落とし、ポ、ランスブイル。彼らは世界征服の野望を抱き、その手始めに東京を南国化し、鬼太郎を倒すことを目標としていたのだ。だが、妖怪大運動会で鬼太郎と友誼を交わしたアカマタは複雑な心境だった。東京に着いたと思ったが、通りがかった雪男たちに、ここは北海道だと教えられる。世界制服の手始めにと、雪男たちと戦い、打ち破って気勢を上げる南方妖怪五人衆は、やしの木を植えて、北海道を南国化していったのだった。

北海道が南国化したというニュースに、妖怪のしわざではないかと、鬼太郎と目玉おやじとネコ娘は調査に向かった。雪男たちをしたがえ、南国気分を満喫していた南方妖怪五人衆は、鬼太郎が来たのを発見した途端に攻撃を仕掛ける。奇襲を受けた鬼太郎たちは成すすべも無く、捕まって妖怪樹脂で固められてしまう。南方妖怪たちが祝いの宴会で盛り上がる中、アカマタは鬼太郎たちを助けるために、妖怪横丁へ送り届けようと決心する。南方妖怪たちをうまくごまかして鬼太郎たちを持ち出すが、配送を断られ、自らイカダと徒歩で運ぶことにした。

妖怪横丁にたどり着いた途端に、アカマタは疲労で倒れてしまう。事情を知らない妖怪横丁のみんなはアカマタを介抱し、うわ言で仲間が北にいると聞いて、一反もめんを使いに出す。一反もめんを捕まえ、アカマタが裏切ったことを知った南方妖怪たちは、鬼太郎に人質交換するように手紙を出すが、待っているのも退屈なので、日本を南国化しながら結局東京までやってきてしまう。アカマタは、鬼太郎とは正々堂々と勝負したいのだと言って仲間を説得しようとするが、南方妖怪はそれならと一反もめんを開放した上で、戦いを挑んできたのだった。

だが鬼太郎も対策を用意していた。ぬりかべを盾にして攻撃を防ぎ、傘化けの回転と霊毛チャンチャンコで竜巻を作り出して南方妖怪たちを空高く巻き上げ、砂かけばばあの砂でとどめをさす戦法は上手く行くかに思えたが、南方妖怪はタフで、何回とどめをさしても立ち上がって向かってくるので、鬼太郎たちの方がパワー切れを起こしてしまった。一計を案じたアカマタの策に乗った鬼太郎は、南方妖怪に降参して、妖怪横丁を南国化してもらう。トロピカルになった妖怪横丁に喜ぶ住人たちは、勝利に喜ぶ南国妖怪たちと宴会を繰り広げるのだった。