妖怪によって爆破され、崩れる建物の下敷きになりそうになった女学生を、鬼太郎は間一髪で助ける。一方、ねずみ男は何者かから力を借りたいとの手紙をもらって、あるビルを訪れるが、そこには日本の悪党妖怪の総大将ぬらりひょんと、蛇骨ばばあ、朱の盤が待ち受けていた。ぬらりひょんは、鬼太郎の強さの秘密は、祖先の霊毛で編まれたちゃんちゃんこ、本人の生命力による多彩な技、そして仲間の人間や妖怪たちとの心のつながりだと分析して、それを封じて抹殺する計画を立てており、ねずみ男にも協力するよう、脅迫するのだった。

鬼太郎が助けた女学生はひとみといった。病院で手当てを受けるひとみを気にかける鬼太郎の様子に、嫉妬するネコ娘。そこにねずみ男があらわれ、ひとみを連れ去ってしまう。追いかけるネコ娘と鬼太郎だったが、それは罠で、ぬらりひょんが妖怪をひきいて待ち構えていた。あらわれた蟹坊主と戦う鬼太郎。だが、ひとみをかばいながらでは身動きが取れない。鬼太郎は木の陰にひとみを避難させるが、そこに旧鼠（きゅうそ）が襲いかかり、猛毒を注入されてしまう。鬼太郎は旧鼠に噛まれたまま蟹坊主にとびつき、体内電気を発動した。

ネコ娘に妖怪横丁の仲間を呼びに行かせ、一旦、避難して身体を休める鬼太郎だったが、生命力を失い、ちゃんちゃんこの力に頼って回復を待つしかない状態だった。そんな鬼太郎から、ひとみはいきなりちゃんちゃんこを奪ってしまう。ひとみの正体は百々目鬼（どどめき）だった。どうしても盗みをやめられない人間が妖怪となってしまった姿で、彼女もぬらりひょんの放った刺客だったのだ。おどろく鬼太郎の前にぬらりひょんがあらわれ、あざ笑う。そして力を失って身動きの取れない鬼太郎を、コンクリートの中に閉じ込めてしまうのだった。

コンクリートからはみ出ていた一本の髪の毛を、朱の盤は戦利品として持ち帰った。ぬらりひょんが勝利の宴をひらいている隙に、髪の毛はちゃんちゃんこを探し出して、鬼太郎の元へ導く。あわてて後を追うぬらりひょんたち。妖怪横丁の仲間たちは、鬼太郎が復活する時間を稼ぐために立ち向かう。復活した鬼太郎は、ぬらりひょんに一撃を加え退けることができた。しかし鬼太郎の優しさに触れて改心し、戦いの中で爆弾から鬼太郎をかばった百々目鬼は息絶えてしまった。ぬらりひょんは鬼太郎にうけた傷をそのままにして、復讐を誓うのだった。