黒影村の村長から助けて欲しいという連絡を受けた鬼太郎は、目玉おやじ、ネコ娘、ねずみ男とともに現地に向かう。黒影村の村人たちには影が無かった。近くの山に住む妖怪、針女（はりおなご）に影を取られてしまったのだ。夜、話を聞く鬼太郎たちの前で、村長が苦しみだす。影を取られたせいで、心と体が引き裂かれるような苦しみにおそわれるのだ。介抱しようとするネコ娘を制して、村長は助けがいるのは自分ではないと言う。この村でただ一人、影を奪われず、針女と戦い続けている猟師の源五郎の力になって欲しいというのが依頼だった。

源五郎に会いに山へ入る鬼太郎たち。だが源五郎が針女用に用意したおとりの罠にひっかかってしまったところを針女におそわれる。針女は自在に操る針の髪を持ち、それで影を射抜く能力を持っていた。鬼太郎は間一髪、源五郎に助けられるが、ネコ娘の影が取られてしまう。ネコ娘と目玉おやじを村に返し、源五郎は鬼太郎を隠れ家に連れて行く。山を降りて妖怪退治は自分にまかせろという鬼太郎に、針女の髪の毛を切ることができたら従うという源五郎。指鉄砲でも切れない髪の毛。針女を倒すには、針女の髪を溶かして作った弾を撃ち込むしかないのだ。

突然、隠れ家を針女がおそってきた。なんとか逃げ延びて野宿をする鬼太郎は、源五郎の左手の影が奪われていることを知る。そこにねずみ男があらわれるが、それは針女の罠で、脅されたねずみ男に抱き付かれた鬼太郎は、針女のすみかに連れ去られてしまう。棲家には村人たちの影が一面に縫い付けられていた。鬼太郎は影を縫われ身動きできない。針女は山を割って棲家への入り口を開き、源五郎を誘い出そうとした。源五郎は棲家に忍び込み、針女に銃口を向けるが、それはおとりだった。針女に捕まりかける寸前の源五郎を鬼太郎の髪の毛が救う。

煙幕を張って鬼太郎を助け出した源五郎は体勢を立て直そうとするが、針女は周囲に髪の毛を張り、二人の動きを読んでいた。鬼太郎を逃がすため、源五郎は身代わりに影を縫われてしまう。鬼太郎は霊毛チャンチャンコで光源を防ぎながら針女に迫るが、針女は自らの体を燃やして別の光源を作り出してきた。鬼太郎が必死に放ったリモコン下駄は針女を外れてしまう。鬼太郎を縫い付け、勝利に酔う針女だったが、実は鬼太郎が狙ったのは源五郎の奪われた左手の影だった。自由を取り戻した手で源五郎は銃を放ち、長い戦いに決着をつけたのだった。