青森県の温泉地では、温泉の乱開発が進んでいた。地元の古老は水を粗末にするとタタリがあるとおそれる。聞く耳を持たなかった工事現場の作業員は、何者かの手によって石にされてしまい、更に温泉や川の水がことごとく枯れてしまう。妖怪横町では、温泉が枯れたために町内旅行が中止になってしまい、みんながっかりしていた。そんな中、店で全品半額のバーゲンセールを行った油すましの人気が高まる。その様子を見たアマビエは嫉妬し、熊本県代表の妖怪四十七士の座は渡さないと、自分の人気アップのために温泉の調査に出かけるのだった。

事件の裏には妖怪が絡んでいるという予言に従って調査を続けるアマビエ、かわうそ、鬼太郎、ネコ娘は、水を販売して儲けているねずみ男を発見する。追求する一同に、自分にはそんな能力はないと言い逃れたねずみ男は、枯れてない温泉があるので案内するという。温泉でくつろぐみんなだったが、実はそれは温泉でなく、妖怪赤舌の口の中だった。赤舌に飲み込まれてしまい脱出しようとした鬼太郎は体内電気を放つが、水を浄化する能力を持つ赤舌の体内は純水で構成されており、電気を通さないので効果が無く、体内の水分を吸い取られていく。

ねずみ男は赤舌をそそのかして水を枯れさせて、一儲けたくらんでいたのだ。飲み込まれずに逃れたアマビエとかわうその目の前に、水分を抜かれて石化した鬼太郎たちが放り出される。水を粗末にされた怒りで街の人間たちを次々に石化していく赤舌。アマビエは妖怪横町から応援を呼んで止めようとする。油すましの油と砂かけばばあの発火性の砂をかけられ、つるべ火によって体を火に包まれ苦しむ赤舌だったが、水を吹き出して消火し、逆に油すましたちみんなを飲み込んで石化してしまった。なすすべのないアマビエは石化した鬼太郎に涙する。

みんなの喜ぶ顔が見たくて事件解決に乗り出したのに、こんなことになってしまった責任を感じたアマビエは、自分一人でも戦うことを決意して赤舌に立ち向かうが、かなわない。やられそうになったその時、鬼太郎があらわれた。アマビエの涙のおかげで元に戻ることができたのだ。妖怪四十七士の紋章があらわれたアマビエの吐く海水は電気を通す。それを利用して鬼太郎は体内電気で赤舌を止めることができた。もう少し人間を信じてみて欲しいという頼みを聞いた赤舌にも四十七士の紋章が浮かび上がる。これで9人目と10人目が揃ったのだった。