人間の街で、まんじゅうを食べた人たちの顔から小豆がこぼれ出し、体力を失ってしまうという事件が起こっていた。ねずみ男はその小豆を回収し、何者かに届ける仕事をしていた。一方、妖怪横町では、みんながおやつにまんじゅうを食べようと、小豆洗いの店に買いに行ったところ、休業の札が掲げられていた。小豆が不作でまんじゅうが作れず、小豆を愛する妖怪で結成された小豆連合でも小豆の不作は問題となっているという。そこにネコ娘が事件のことを知らせに来た。妖怪のしわざだという目玉おやじに、小豆洗いは思い当たることがあった。

調査に出かけた小豆洗いは、ねずみ男がまんじゅう売りの屋台を出しているのを発見する。事件を起こしたのは小豆連合の小豆はかりと小豆ばばあだった。二人は小豆を愛する余り、禁断の悪玉小豆を使って人々から小豆を収穫していたのだ。そこに後をつけて来た鬼太郎があらわれ悪玉小豆を回収する。二人は鬼太郎のせいで小豆洗いが味方してくれないのだと思い込み、その晩、鬼太郎の家に忍び込んで悪玉小豆の煮汁を鬼太郎に浴びせた。すると鬼太郎の妖力を吸って大量の小豆が収穫される。喜んだ二人は鬼太郎を小豆畑の肥料にすることにした。

小豆洗いは小豆畑がよみがえったと聞いて駆けつけるが、そこには地面に埋められ、妖力が根を張って動けなくなった鬼太郎の姿があった。鬼太郎を助けようとネコ娘や砂かけばばあたちがやってくるが、ジャックと豆の小豆により捕らえられ、悪玉小豆の煮汁を浴びせられて、妖力を奪われてしまう。みんなを解放してくれと必死に頼む小豆洗いだったが、愛する小豆のためなら手段を選ばない小豆はかりと小豆ばばあに裏切り者扱いされ、攻撃を受けて倒されてしまう。小豆と妖怪横丁の仲間と、どちらが大切なのか問われた小豆洗いは、悩み苦しむ。

小豆洗いは、小豆はみんなを幸せにするために存在するのだと悟り、自分の大切なものを守るために二人と戦う決意をする。小豆鉄砲や小豆砲の激しい応酬で、小豆はかりと小豆ばばあを追いつめた小豆洗いだったが、二人とも自分の大事なものだと言って拳をおさめる。だが、はずみで破壊の小豆、戦豆が暴走してしまう。小豆洗いは畑中に張った根を伝って、鬼太郎に自分の妖力を託した。みんなを助けたいという小豆洗いの思いを受け取った鬼太郎は復活し、戦豆を倒すことができた。そして小豆洗いにも妖怪四十七士の紋章があらわれたのだった。