鬼太郎が映画の試写会に行く約束を忘れて、ねずみ男と幻の妖怪昆虫オオアシナガオバケクワガタを採取するために旅に出たと聞いて、ネコ娘は怒っていた。ねずみ男が案内する穴場でツノマガリオバケクワガタを捕まえた鬼太郎は、昆虫採集に夢中になる。だが森は大型ショッピングモールの開発で伐採されようとしていた。誰もいないはずの古寺から鐘の音が聞こえ、工事現場の作業員はおびえるが、社長は強行に工事を推し進める。その晩、社長の家に古寺に住む妖怪、野寺坊の使いだという、人間の言葉をしゃべるヒキガエルが警告にあらわれた。

野寺坊は子供が大好きで、夜中に鐘を突くのも健やかな成長を祈ってのこと、森が無くなれば動物も子供も困るので、開発をやめるように言うヒキガエルを、社長は手荒に追い返した。翌日、昆虫採集に向かった鬼太郎とねずみ男は、社長の命令で古寺が壊されるのを目撃する。その晩、取り壊されたはずの寺の鐘の音が響き、それに導かれるように子供たちは寝床を抜け出して、森の中へ消えていった。あくる朝、子供たちが行方不明になったことで村は大騒ぎになる。いくら探しても見つからず、途方にくれる村人たちに、動物たちが話しかけてきた。

工事を中止して寺を元通りにしないと子供たちは帰らないという動物たちの警告を聞いた村人たちは、野寺坊のたたりだと恐れる。鬼太郎は野寺坊に謝ることを勧めるが、社長は聞き入れようとしなかった。その晩、他の子供たちも森へ導かれる。ねずみ男と共にその後をつけた社長は隠れ里の入り口にたどり着くが、野寺坊に捕まってしまった。野寺坊は社長を釜ゆでにしようと、子供たちにヘビ踊りをおどらせ火をつけさせる。自分を非難しながら踊る中に息子の順一がいるのを見て、愕然とする社長。だが、子供たちの中に鬼太郎も忍び込んでいた。

鬼太郎は話し合おうとするが、野寺坊は怒りで聞く耳を持たなかった。今回の件は人間が悪いが、さすがにやり過ぎだと考えた鬼太郎は釜から社長を救出した。しかし音を操る野寺坊の能力に苦戦する。そこに、ツノマガリオバケクワガタから連絡を受けた目玉おやじが、つるべ火とともにやって来た。鬼太郎は目玉おやじから教えを受けた共鳴反射の術で、野寺坊の攻撃をはね返して倒すことができた。社長も反省して工事を中断し、新しく寺を建て直して、木も植え直すことになった。野寺坊も動物たちも、村人たちにも平和な日々が戻ったのだった。