タンコロリンが妖怪城にさらわれたという知らせを受け、黒鴉と天狗ポリス、鬼太郎と一反もめんが駆けつけた。そこには成長して心を持ち、ぬらりひょんを父と慕う妖怪城の姿があった。妖怪城は、ねずみ男が妖怪四十七士探しで目星を付けた妖力の高い各地の妖怪を吸収して、成長していったのだ。土の塔の龍の力も目覚め、次に移動した土地が決戦の場所だと言い残すぬらりひょんとともに、妖怪城は地に潜って姿を消した。朱の盤や蛇骨ばばあたちとの宴席で、ぬらりひょんが紹介した鬼太郎抹殺の切り札の姿を見たねずみ男は驚愕するのだった。

妖怪城の行方を探す鬼太郎たちの元に赤舌があらわれる。北海道と東北の間の洋上に妖気の異変を感じたのだと言う。青森の天狗ポリスに加勢して、アマビエ、かわうそ、赤舌が妖怪城を足止めする。かまいたち、旧鼠、朱の盤が立ちふさがるが、ネコ娘、小豆洗い、子泣きじじい、砂かけばばあ、ぬりかべが戦っている間に、鬼太郎は一気に決着をつけるべく、妖怪城に侵入した。ぬらりひょんと対峙する鬼太郎におそいかかったのは、アマミ一族のミウだった。蛇骨ばばあの妖怪香炉で心を操られているのだ。鬼太郎はミウと戦うことができなかった。

鬼太郎は自分の幼い頃のことを思い出していた。成長期の幽霊族は、自分の妖力の制御が効かなくて凶暴化することがあるのだ。幽霊族と近い種族のアマミ一族にも、その力は受け継がれており、その時は蒼坊主に助けられた鬼太郎は、自分がミウを救わなくてはと、必死に呼びかける。鬼太郎の叫びに自分を取り戻したミウ。その隙をついて、ぬらりひょんは鬼太郎に止めを刺した。ぬらりひょんの凶手に貫かれた鬼太郎は、妖怪城のエサとなってしまった。強大な鬼太郎の妖力を吸収した妖怪城は完全体となって、他の妖怪たちを襲い始めるのだった。

雪女の葵たちも助けにやってきた。蒼坊主に助けられたミウは、呼子に頼んで鬼太郎の元に向かう。鬼太郎の傷を癒し、自分の全ての妖力を与えるミウの姿を見て、妖怪城に取り込まれていたタンコロリンや座敷童子、なまはげも鬼太郎に自分の妖力を託した。鬼太郎はみんなの力を得て、地獄の鍵を開放、獄炎乱舞で妖怪城を中から破壊する。ぬらりひょんは崩れた妖怪城を深海で休ませ、また打倒鬼太郎の計画を練り直すのだった。宮城県のタンコロリン、秋田県のなまはげ、岩手県の座敷童子が、東北地方の妖怪四十七士として目覚めたのであった。