土偶のような妖怪を見つけた子ぬりかべに連れられて、ぬりかべが浜辺の洞窟へ行くと、そこには傷付いたゴーレムが倒れていた。ゴーレムはチェコの魔法学者に生み出された伝説の巨人である。土偶のような妖怪はゴーレムの右手の親指だった。本体の危機を知らせるために分身して動くようになったのだ。それを見て、ぬりかべ女房はゴーレムの子供のようなものだと言う。鬼太郎を倒すために連れて来られた自分は敵だと語るゴーレムだったが、ぬりかべは気にせずに修理して介抱する。似たもの同士であるお互いの間に、友情が芽生えるのだった。

日本近海の小島では、初代ドラキュラの姿を見て奮起したドラキュラ三世が、ドラキュラ二世を相手に特訓をしていた。先代狼男はヨナルデパズトーリに、狼男ワイルドも見習って欲しいものだと愚痴をこぼす。秘密兵器であるゴーレムと合流して日本の霊場を攻める作戦だったのだが、ワイルドはゴーレムを運んでくる途中、興味本位でゴーレムを動かして制御できずに、船をコントローラーごと海の底に沈めてしまった。困り果てたワイルドは、こっそりと魔女ザンビアに助けを求める。ザンビアは海に潜ってコントローラーを回収し、一計を案じた。

すっかり回復し、家族ができたことを喜ぶゴーレムだったが、一方で、自分がコントローラーに操られて破壊の限りをつくす悪魔の存在であったことに苦悩する。そして、ぬりかべに自分が自分でなくなった時は、友達として自分を倒してくれるように頼むのだった。鬼太郎と妖怪横丁の仲間たちは、ゴーレムが悪用されないようにと、チェコに帰るためのイカダを作る。だがそこに、仲間を出し抜いて手柄を立てようとするワイルドとザンビアがあらわれた。ザンビアはコントローラーからフランスの妖怪、魔火を呼び出して、ゴーレムを操るのだった。

魔火と一体化して暴れるゴーレムに、鬼太郎は歯が立たない。ゴーレムを壊すには、体のどこかに隠されたヘブライ語の文字を消すしかなかった。ぬりかべはゴーレムを修理した時に文字が書かれていたのを思い出す。友達だったゴーレムを壊すことを躊躇するぬりかべだったが、完全に魔火と一体化して子ゴーレムを破壊する姿を見て、これ以上暴れさせないために、やむを得ずゴーレムを倒すのだった。逃げる魔火は、指鉄砲で打ち出した髪の毛槍で倒された。ゴーレムの砕けた体はゲゲゲの森に安置され、よみがえることができる日を待つのだった。