幼い頃に船長だった父が行方不明になったまゆみは、最近、連続して不思議な夢にうなされていた。最後は決まって、ベットの中に引きずり込まれて、目が覚める。海辺でねずみ男と落し物探しを兼ねたゴミ拾いのアルバイトをしていたネコ娘は、登校中のまゆみを見て、その存在感の無さが気になり、猫のクロに様子を探るように頼んだ。学校の帰り道、まゆみは飛んできた変わった種を拾ったので、部屋で植木鉢に植える。いつもの夢にうなされて起きた翌朝、種は芽を出して部屋中に蔓を伸ばし、赤い花を咲かせており、まゆみは気を失ってしまう。

クロからの知らせを受けたネコ娘は、鬼太郎たちを連れて駆けつけた。目玉おやじはその花は妖花という思いを伝える花で、特に人を害するものではないはずだと語る。目を覚ましたまゆみは鬼太郎たちの姿に驚くが、妖花の謎を解くために遠い南の島へ行くことに同意し、夜行さんから借りてきた妖怪飛行船に乗り込んで旅立った。父親に呼ばれる夢を見たまゆみは、到着した島の中に駆け出して行ってしまう。後を追う鬼太郎とネコ娘の前で、まゆみは精霊アグリに包まれて連れ去られてしまった。一反もめんに乗って追跡するがアグリに邪魔される。

落下した鬼太郎とネコ娘を森の霊が取り囲んだ。まゆみを返すよう訴えるが、聞く様子がない。吹き矢の攻撃に指鉄砲で反撃する鬼太郎だったが、森の霊の数は多過ぎた。体内電気を放つ鬼太郎の前に島の守り神グハがあらわれ、ここは死者の聖域で生者が立ち入ってはならぬと語る。鬼太郎たちと同行してきたまゆみは実は霊体だったのだ。だから存在感が無かったのだとネコ娘は悟る。まゆみの肉体は、部屋のベットの地下深くで花魄（かはく）に捕らわれており、息絶える寸前だった。グハはまゆみを救いたければ口の中に入るように言うのだった。

まゆみは妖花に導かれて、父親から誕生日プレゼントの懐中時計を渡される。座礁して帰れなかった父親の心残りの思いを妖花は伝えたかったのだ。花魄に捕らえられた肉体に戻ったまゆみの手には懐中時計があった。鬼太郎はグハの妖力で妖花と同化してその様子を見ていたが、非力な根っこではどうすることもできない。まゆみは父親からの強く生きなさいという願いに応えることを決意する。花魄に壊された懐中時計の針を使って、鬼太郎は花魄を倒した。思いを伝え終えた妖花は枯れた。まゆみは存在感を取り戻し、元気に日々を暮らすのだった。