福島県にあるビルで深夜残業をしていた会社員が、突如あらわれた和服を着た女性たちに連れ去られてしまった。そのビルの屋上にある天守閣に住んでいる妖怪亀姫が、二百年毎に行われる兵庫県の妖怪長壁姫との雅比べに使うためにさらわせたのだ。事件を調査しに来た鬼太郎は、警備員からこのビルができる前はお城があったという話を聞いてオーナーに詳細を聞きに行く。オーナーは天守閣を残して人間を毎日一人ずつ献上する約束でビルに建て替えたのだが、ねずみ男から入口を鎖で閉じれば約束は守らなくてすむというアドバイスを受けたと言う。

その頃、兵庫県では長壁姫が雅比べのために巨大な竜巻を起こしていた。仕上げに琵琶湖の水を吸い上げて水竜巻にして福島県に向かう。琵琶湖で花見をしていたネコ娘たちは、その後を追った。屋上に行き、結界で隠された天守閣に侵入した鬼太郎は、廊下に人間の人魂で作られた提灯が飾ってあるのを見つける。こんなことはやめさせようと上へ急ぐ鬼太郎の前に、西洋の妖犬ケルベロスが立ちはだかる。ケルベロスを倒した鬼太郎は、式神を蹴散らし、亀姫の元へたどりつくが、その眼差しのみで金縛りにされてしまった。そして長壁姫が到着した。

雅比べとは、お互いがこれだという雅なものを見せ合って、どちらかが感心すれば勝負が決まるのだ。長壁姫の水竜巻を見て、はしゃぐ亀姫だったが、今回は負けないとばかりに、大量に集めた人魂提灯でビルをライトアップし、花火のように人魂を打ち上げ始めた。負けじとばかりに長壁姫はビルを水竜巻で押しつぶそうとする。亀姫も巨大な光竜巻を作り出して、双方一歩も譲らずぶつかり合いになった。雅合戦のあおりをくって、このままでは街は滅茶苦茶になってしまう。金縛りが解けた鬼太郎は、なにかこの状況を治める手段はないか考える。

助けに来たネコ娘、一反もめん、砂かけばばあ、子泣きじじい、かわうそ、アマビエの力を借りて、鬼太郎は霊毛チャンチャンコを巨大化させ、二つの大竜巻を包み込んだ。自分たちの楽しみの邪魔をされて怒るかと思われた姫たちだったが、その技に感心して、今回の勝者は鬼太郎ということになった。ほうびを取らすと言われた鬼太郎は、遊びのために人間の命を奪わないようにと頼む。その代りに退屈しのぎの相手をしなくてはならなくなった鬼太郎は疲れ果てるが、亀姫と長壁姫にも紋章があらわれる。彼女たちもまた妖怪四十七士であったのだ。